Древняя часть храма является сооружением 6 века после капитальной реконструкции X века с частичной разборкой древнего сооружения. В XIX веке к храму пристроили притворы и колокольню в неовизантийском стиле. При этом древняя часть храма даже после всех последующих перестроек и реконструкций сохраняет свою византийскую крестово-купольную планировку. Храм является памятником византийского периода правления в Крыму императора Юстиниана I, а реконструкция храма X века, придавшая окончательный вид древней части храма, делает церковь крупнейшим памятником русского Тмутараканского княжества. Володихин Дмитрий Михайлович считает, что храм возможно самый древний из каменных в Киевской Руси. Действительно, окончание постройки Десятинной церкви в Киеве было позднее завершения реконструкции церкви Иоанна Предтечи. Сама церковь прекрасно сохранилась и не была разрушена, т.к. во время Крымского ханства использовалась как мечеть. Хотя переделка крымскими татарами храма в мечеть привела к утрате фресок учеников Феофана Грека, которые были замазаны штукатуркой. В данный момент штукатурка удалена реставраторами и можно наблюдать очертания древних фресок.

Надпись на одной из колонн храма гласит: «Здесь покоится раб Божий, сын Георгия. Преставился месяца мумия 3 (дня) часа 10 (в лете) от Адама 6260», что соответствует 752 году от Рождества Христова. Эта надпись определила традиционную дату постройки храма в VIII веке, которая отображена и на охранном знаке на храме. Однако классическая датировка не учитывает, что очевидно колонна была принесена от более древнего сооружения. Заложенные в кладку храма амфоры в качестве голосников датируются периодом VIII-IX века, что указывает на то, что храм подвергался реконструкциям в течении столетий.